Was ist die SNP-Analyse?
SNP steht für Single Nucleotide Polymorphism. Es handelt sich um molekulargenetische Marker. Sie werden zum Zweck der Diagnostik, der Züchtung und der Diversitätsforschung sowohl in der Humanmedizin, als auch in der Biologie und in der Landwirtschaft verwendet. Im Falle der wirkortspezifischen Herbizidresistenz (Wirkortresistenz, Target-site resistance, TSR) sind die häufigsten für eine Resistenz verantwortlichen SNPs auf den Genen der Targets (den so genannten MoAs, den Mode of Action, den Wirkorten der Herbizide) im Genom der Pflanzen bekannt.
Der von PlantaLyt angebotene Service der SNP-Analyse richtet sich an Spezialisten. Sie haben Expertenwissen und können die SNPs den Targets der Herbizide zuordnen. Wir führen für Sie die Schritte Amplifizierung von targetspezifischen Fragmenten mittels PCR, DNA-Sequenzierung und Auswertung von DNA-Sequenzen durch. Sie erhalten einen Bericht über das Vorkommen von SNPs der wirkortspezifischen Herbizidresistenz und in einer weiterführenden Sequenzanalyse über neue Genotypen, die in einem Zusammenhang mit der Herbizidresistenz stehen oder als so genannte stille Mutation nicht für das Target-Protein kodieren. Beide Marker-Typen können für eine Typisierung der Targets heran gezogen werden.
Zur Qualitätssicherung der DNA-Sequenzierung führen wir für jede Probe eine Doppelanalyse durch. Beide Datensätze werden zusammengeführt und dann mittels einer speziellen Software auf zwei Fragestellungen hin analysiert:
- Analyse der klassischen SNPs (Vorkommen des Wild-Typs oder der TSR, Genotypisierung)
- Analyse der Sequenz des PCR-Produkts im Kontext der SNPs (Identifizierung neuer kodierender und nicht-kodierender Varianten).
Wie lange dauert die SNP-Analyse?
Nach Eingang der Proben werden diese registriert und unmittelbar für die Analyse vorbereitet. Für eine Analyse benötigen wir 10-14 Arbeitstage.
Was kann analysiert werden?
Die Analysen, die Sie erhalten, sind auf dem höchsten wissenschaftlichen Niveau. Ihr Aufwand für die Probenahme ist bei der SNP-Analyse gering. Nur ein wenig Blattmaterial oder anderes vitales Material der Pflanzen reicht aus, da in jeder somatischen Zelle und damit in allen Organen einer Pflanze das Erbmaterial vorhanden ist.
In der folgenden Tabelle sind die Pflanzenarten und die SNPs der jeweiligen MoA aufgeführt, die wir routinemässig analysieren. Ein Angebot zu weiteren Arten und SNPs machen wir Ihnen auf Anfrage.
Tabelle SNP-Analysen:
Die in der Tabelle aufgeführten Kombinationen aus MoA, Fragment und Art können pro Probe unabhängig in Auftrag gegeben werden (z.B. Auftrag eine Probe ALOMY mit den Analysen ALS Ala122, Pro197, Ala205). Es ist zu beachten, dass die in einer Spalte kombinierten SNPs nur gemeinsam analysiert werden können (also bei der Analyse von Pro197 werden automatisch Ala122 und Ala205 mit erfasst und analysiert). Eine Analyseneinheit ist definiert als 1 x Blattprobe (Art) x Fragment. Bitte Kontaktieren Sie uns für eine Preisauskunft. Das Bestellformular für den Analyseauftrag finden Sie im Produktflyer (siehe unten).
| HRAC-Klasse | HRAC-Klasse A | HRAC-Klasse B | HRAC-Klasse C | ||||||
| Target (MoA) | ACCase | ALS | PS II | ||||||
| Fragment | Ile1781 | Trp1999, Trp2027, Ile2041 |
Asp2078, Cys2088, Gly2096 |
Ala122, Pro197, Ala205 |
Asp376, Arg377 |
Trp574, Ser653 |
Leu218, Val219 |
Ala251 | Ser264, Asn266 |
| Species | |||||||||
| Ackerfuchsschwanz (ALOMY) | X | X | X | X | X | X | X | X | X |
| Weidelgras (LOLSS) | X | X | X | X | X | X | X | X | X |
| Windhalm (APESV) | X | X | X | X | X | X | X | X | X |
| Trespe (BROSS) | X | X | X | X | X | X | X | X | X |
| Flughafer (AVESS) | X | X | X | X | X | X | X | X | X |
| Hühnerhirse (ECHCG) | X | X | X | X | X | X | X | X | X |
| Amarant (AMARE) | X | X | X | X | X | X | |||
| Raps (BRSNN) | X | X | X | X | X | X | |||
| Gänsefuß (CHEAL) | X | X | X | X | X | X | |||
| Klatschmohn (PAPRH) | X | X | X | X | X | X | |||
| Vogelmiere (STEME) | X | X | X | X | X | X | |||
| Kreuzkraut (SENVU) | X | X | X | X | X | ||||
Sie erhalten die Ergebnisse einer SNP-Analyse in Form einer Excel-Datei wie im Beispielbericht dargestellt (Beispiel Bericht Download). Ausführliche Berichte mit Methodenteil und Interpretation fertigen wir auf Anfrage an.
Was für ein Probenmaterial wird für die SNP-Analyse benötigt?
Es werden pro Analyse ein 5 – 10 cm langes Blattstück benötigt. Je ein Blatt stammt von einer individuellen Pflanze. Die Anzahl an zu beprobenden Blättern ist frei wählbar. Welche Arten und Gene analysiert werden entnehmen sie bitte der Tabelle oben. Sollten Sie Fragen dazu haben treten Sie bitte mit uns in Kontakt. Die Blattproben stammen i.d.R. aus Praxisschlägen, aus Versuchsflächen oder von Pflanzen, die nach Prüfungen im Gewächshaus untersucht werden sollen.
Hier finden Sie unseren Produktflyer zur SNP-Analyse mit Bestellformular zum Analyseauftrag sowie eine Anleitung für die Probenahme und den Versand.
